造成甲状腺功能减退最常见的原因是桥本氏甲状腺炎，这是一种甲状腺的炎症和自身免疫疾病。其他造成甲减的原因还有：
1、颈部放射治疗
治疗某些癌症需要对颈部进行辐射，导致甲状腺细胞受损。放射性碘治疗是治疗甲状腺功能亢进常用的方法。辐射会破坏甲状腺中的细胞，通常会导致甲状腺功能减退。
2、使用某些药物
治疗心脏病、精神疾病和癌症的药物有时会影响甲状腺激素的产生。这些包括锂、干扰素α和白细胞介素-2。
3、手术切除甲状腺会导致甲状腺激素不足
如果只是去除部分甲状腺，剩余的腺体仍可能产生足够的激素，但需要经常监测。
4、饮食中碘含量过低
这是导致甲状腺功能减退的主要原因。身体不能制造碘，因此碘必须通过饮食摄取。
怀孕会影响甲状腺功能并导致产后甲状腺炎症，这被称为产后甲状腺炎，通常表现为甲状腺激素水平首先急剧上升，随后急剧下降。
我们通常认为大多数婴儿出生的时候身体是健康的，但情况并非总是如此。有些婴儿出生时甲状腺发育不正常或者不能正常工作。这被称为先天性甲状腺功能减退症。
垂体或下丘脑腺体损伤或功能不良会干扰甲状腺激素的产生，虽然很少见，但这会影响产生的甲状腺激素量。
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