甲状腺激素维持和促进机体细胞的基础代谢，犬甲状腺激素缺乏或者甲减是非常常见的，而猫常见的则是甲状腺激素分泌过多或者甲亢。下丘脑分泌促甲状腺激素释放激素（TRH）来刺激垂体，负反馈调节机制中TRH的分泌量依据T3和T4的分泌。垂体分泌促甲状腺激素（TSH）来刺激甲状腺，甲状腺分泌甲状腺激素T3和T4。大部分犬的甲减均是由甲状腺本身障碍所引起的，常见的是淋巴细胞性甲状腺炎、偶发的甲状腺萎缩或肿瘤，这种情况下，T4降低，TSH升高。猫常见的甲亢主要是由甲状腺的增生和肿大所引起的，T4的过量分泌导致了TSH分泌受抑制及分泌量降低。
尽管甲状腺功能正常，甲状腺激素分泌仍可能降低，这主要是由于严重慢性全身性疾病其新陈代谢降低所引起的，这类疾病统称为甲状腺机能正常病态综合征。甲状腺机能正常病态综合征患犬尽管甲状腺机能正常但T4通常降低，TSH正常或降低。偶尔TSH也会表现稍微升高但并不会像甲减那样高。为了防止上述情况的误诊，高度推荐甲减症状的犬检测T4的同时检测TSH。
甲减和甲亢的检测流程如下表所示，当犬出现甲状腺疾病的症状时，英国小动物兽医协会推荐应同时检测T4和TSH。
这个流程图依据英国小动物兽医协会犬猫内分泌学操作手册第四版